Bioinformatic Pathway Analysis

Nieuwe behandelmogelijkheden

Rett syndroom is (nog) niet te genezen en symptomen zijn ernstig. Ontwikkeling van nieuwe medicijnen en behandelingen is een lang, risicovol en erg kostbaar traject. Het duurt 7 tot 12 jaar voordat er een nieuw medicijn vrij verkrijgbaar is. De benodigde investeringen variëren van 10 miljoen voor kleine groepen tot 1,5 miljard voor grote groepen patiënten.   

Het is voor bedrijven eenvoudiger om te investeren in het aanpassen van reeds bestaande of deels ontwikkelde behandelingen omdat deze producten sneller op de markt kunnen worden gebracht. Ook wordt er vooral geïnvesteerd in aandoeningen met een grote patiëntengroep.  

Bedrijven investeren weinig in het vinden van een nieuwe behandelingsroute voor zeldzame aandoeningen zoals Rett syndroom. Het vinden van een nieuwe veelbelovende route kost veel geld en vergt inzet van veel mensen en geavanceerde faciliteiten. Deze aandoeningen zijn vaak erg complex en het aantal patiënten is vaak te gering om deze investering te rechtvaardigen.

Om het investeringsrisico voor bedrijven te verminderen zetten we een systeem op waarmee het Rett Expertisecentrum van het MUMC en Stichting Terre–Rett Syndroom Fonds op een slimme en efficiënte manier op zoek gaan naar nieuwe behandelmogelijkheden. Met behulp van BIOINFORMATICA brengen we alles in kaart wat er op dit moment over Rett syndroom en aanverwante aandoeningen bekend is en vullen we de ontbrekende informatie aan met eigen onderzoek en internationale samenwerkingen.

De oorzaak van Rett is in 1999 ontdekt door Dr. Huda Zoghbi als een mutatie van het MECP2 gen op het X-chromosoom. Dit gen maakt een eiwit aan (het MeCP2 eiwit) en na 17 jaar (wereldwijd) onderzoek weten we dat de werking van heel veel cellen in ons lichaam beïnvloed. Men wil vooral die cellen beïnvloeden die verantwoordelijk zijn voor de meest ernstige symptomen waarbij je voorzichtig moet zijn dat je niet de werking van andere cellen verstoort.

Friederike Ehrhart van het Rett-expertisecentrum in Maastricht heeft een model gemaakt waarbij de invloed van het eiwit kan worden nagebootst. Zo kunnen we dus die cellen identificeren die de meest gunstige effecten hebben op het bestrijden van de symptomen. 

Het bioinformatica model opgezet door Friederike Ehrhart, Rett expertisecentrum (image from WikiPathways: http://www.wikipathways.org/instance/WP3584)

Vanuit dit model zijn we erachter gekomen dat er nog belangrijke informatie ontbreekt om nieuwe en vooral veilige behandelingsmogelijkheden te ontwikkelen. Daarom wordt er gewerkt aan het volledig maken van het model. Dit is een continu proces.

Als we de rol en de werking van de cellen beter begrijpen, dan kunnen we kunnen ook simuleren hoe we de werking van bepaalde cellen kunnen beïnvloeden. Op deze manier ontdekken we dan nieuwe behandelmogelijkheden. Het is vaak zo dat de werking van 1 cel ook de werking van andere cellen beïnvloed waardoor een positieve maar ook een nadelige kettingreactie kan optreden. De afhankelijkheid van cellen tussen elkaar is erg complex maar wordt uiteraard meegenomen in het zoeken naar de juiste behandelmogelijkheid.

Model waaruit de invloed en afhankelijkheid van verschillende cellen duidelijk wordt (image from Ehrhart at al. 2016 doi:10.1007/S10354-016-0488-4)

Er zijn door andere onderzoeksgroepen al een aantal behandelingen voor Rett (symptomen) geïdentificeerd en deze worden op dit moment verder ontwikkeld. De keuze voor de route van deze behandelingen is gedaan op basis van de stand van kennis van destijds. Op basis van ons model kunnen we nu al afleiden dat een aantal lopende onderzoeken niet het gewenste resultaat zal hebben. Dit geeft dus maar weer aan hoe belangrijk het model en de door ons verzamelde informatie is.

De werkwijze geeft de noodzakelijke richting in het basis- en vervolgonderzoek omdat het nu al duidelijk maakt welke cellen de meeste invloed hebben op het ziektebeeld. Deze informatie willen we dan aanreiken als startpunt voor bedrijven die de behandelingen dan verder gaan opschalen en op de markt willen brengen. We gaan dus niet zelf investeren in het opschalen.

Er is samenwerking met verschillende onderzoeksgroepen, binnen en buiten Europa. Zo is er een officiële samenwerking van het Rett-expertisecentum ( prof. dr. Leopold Curfs), de afdeling Bioinformatics ( prof. dr. Chris Evelo) en The Wetlab (prof. dr. Harry Steinbusch) van het MUMC en de Universiteit van Sydney (prof. dr.  John Cristodoulou). Ook is er actieve samenwerking met verschillende groepen uit het H2020-Elixir programma (meer hier) . Op deze manier delen we kennis en resources om zo snel en efficiënt mogelijk tot resultaat te komen.

Elixir workshop, 1-3 november 2016 Maastricht

Copywrite (tekst en afbeeldingen) Stichting Terre-Rett Syndroom Fonds en Rett Expertisecentrum

Bovenstaande tekst  als PDF

Dr. Friederike Ehrhart is sinds november 2015 als onderzoeker verbonden aan het Gouverneur Kremers Centrum van het Maastricht Medisch Universitair Centrum ten behoeve van het Rett Expertisecentrum. Het Rett Expertisecentrum werkt samen met de afdeling Bioinformatica van prof. dr. Chris Evelo. Binnen deze samenwerking is dr. Friederike Ehrhart aangesteld als onderzoeker ten behoeve van Rett syndroom. Haar onderzoek onder leiding van prof. Chris Evelo en prof. Leopold Curfs is gericht op het beter in kaart brengen van de betekenis en invloed van MECP2 op het biologische netwerk. Daarbij wordt gebruikt gemaakt van de kennis van bio-informatica-methoden uit de systeem biologie.

De aanstelling van Friederike Ehrhart bij het Rett Expertisecentrum wordt mogelijk gemaakt door Stichting Terre–Rett Syndroom Fonds.

Het onderzoek sluit aan bij de focus van Stichting Terre-Rett Syndroom Fonds: het ontwikkelen en testen van de effectiviteit en veiligheid van nieuwe behandelingen en het onderzoeken van nieuwe paden voor effectievere methoden voor behandeling van symptomen en (gedeeltelijke) genezing van Rett syndroom.